На отделении используются инструменты одноразового применения. Большое внимание уделено обработке эндоскопической аппаратуры. Дезинфекция высокого уровня эндоскопического оборудования проводится в ультразвуковых автоматических репроцессорах фирмы Olympus OER-AW. 

 Эндоскопическое отделение СПбГБУЗ «Городская больница №9» осуществляет оказание услуг в амбулаторном порядке с возможностью проведения исследований под внутривенным наркозом. Многолетний опыт, широкий спектр оборудования и инструментария позволяют перевести диагностическое исследование в лечебное мероприятие. Пробуждение пациентов осуществляется в комфортных палатах наблюдения под контролем медицинского персонала.

Спектр диагностических исследований, выполняемых специалистами отделения.

• Эзофагогастродуоденоскопия.
• Видеоколоноскопия. 
• Дуоденоскопия – осмотр парапапиллярной области и большого  сосочка двенадцатиперстной кишки с целью выявления ранних патологических изменений, забор материала на гистологическое исследование. 
• Хромоскопия (окрашивание слизистой оболочки специальными красителями).

Виды операций, выполняемых специалистами отделения.

• Электроэксцизия крупных ворсинчатых образований и латерально распространяющихся неоплазий (LST) толстой кишки.
• Эндоскопическая резекция слизистой (EMR), диссекция в подслизистом слое (ESD) эпителиальных новообразований  толстой кишки и желудка,
• Эндоскопическое лечение хронического лучевого проктита, осложненного кровотечением.
• Аргоноплазменная коагуляция ангиоэктазий, очагов метаплазии.
• Эндоскопическая остановка кровотечений из верхних и нижних отделов желудочно-кишечного тракта.
• Эндоскопические операции на желчных протоках: ретроградная холангиопанкреатография (ЭРХПГ), папиллосфинктеротомия (ЭПСТ), литоэкстракция, литотрипсия, эндопротезирование протоков при доброкачественных и злокачественных стриктурах билиарного дерева.
•  баллонная дилатация стриктур общего желчного протока.
•  баллонная дилатация рубцовых стриктур пищевода и анастомозов толстой кишки при его стенозировании.
• Эндоскопическая чрескожная гастростомия.
• Извлечение инородных тел из верхних и нижних отделов ЖКТ.